差異定量方法比較

TMT/iTRAQ

DIA

數(shù)據(jù)采集方式

DDA

選擇豐度高的離子碎裂，數(shù)據(jù)采集具有一定隨機(jī)性； 只能根據(jù)母離子/報(bào)告離子定量，無(wú)法提取離子對(duì)定量，隨機(jī)性較大，準(zhǔn)確性、重現(xiàn)性較差。

DIA

所有離子完全采集，無(wú)數(shù)據(jù)丟失；重現(xiàn)性好；高通量定量分析。

優(yōu)勢(shì)

混合上機(jī)，質(zhì)譜分析平行性好。

樣本數(shù)量較少，相對(duì)定量簡(jiǎn)易。

方法成熟，參考文獻(xiàn)豐富，成本較低。

質(zhì)譜操作簡(jiǎn)便不需分組分，樣本處理很少，軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)快速發(fā)展提高效率。

DIA全掃描，蛋白鑒定重現(xiàn)性好，可高通量定量分析更多蛋白。

個(gè)體化分析，樣本數(shù)增加，統(tǒng)計(jì)學(xué)分析更具意義。

樣本基因表達(dá)差異影響小（不同部位、不同個(gè)體的樣本，均能分析）。

局限

基因表達(dá)情況接近的樣本（不能跨部位），為消除個(gè)體差異帶來(lái)的影響，科研上很多時(shí)候還需要混樣。

樣品數(shù)受限（≤8標(biāo)、≤10標(biāo)）；樣本數(shù)量較多時(shí)需設(shè)對(duì)照分多組，定量分析困難。

DDA掃描，蛋白鑒定重現(xiàn)性較差，獲得的差異定量數(shù)據(jù)，必須進(jìn)一步驗(yàn)證。

采用DIA數(shù)據(jù)采集方式，對(duì)質(zhì)譜儀器平臺(tái)要求高。

數(shù)據(jù)量大，對(duì)方法及軟件效率要求高。

若大樣本檢測(cè)，檢測(cè)成本相對(duì)提高。